Biotechnologie, plante, santé, nutrition
Santé des plantes et interaction avec l'environnement
Santé des plantes et interaction avec l'environnement (SPIE)
Contexte socio-économique et Objectifs du parcours :
Ce parcours concerne tous les types de microorganismes fongiques et/ou phytopathogènes (champignons, bactéries, virus). Il permet l’acquisition de savoir-faire dans les domaines de la biologie des microorganismes, la physiologie végétale et les interactions plantes-pathogènes ainsi que les techniques de manipulations et de biologie moléculaire adaptées à ces microorganismes.
Il vise à former des cadres pour les entreprises qui utilisent les champignons ou luttent contre les phytopathogènes dans divers secteurs comme :
La lutte contre les agents phytopathogènes (identification de gènes de résistance chez les plantes, méthodes de bio-contrôle, produits phytosanitaires, fongicides)
Mais aussi, l’agroalimentaire (levures, fermentations, colorants et aromes, sécurité des aliments, mycotoxines, champignons comestibles)
L’écologie et l’environnement (approche de la biodiversité, mycorhizes, bioremediation et lutte biologique)
(Ce parcours est accessible au titre de la formation initiale et aussi de la formation continue et en alternance)
Compétences et carrières
A l’issue de la formation, les étudiantes du parcours seront capables de :
- Compétences préprofessionnelles
- Mettre en œuvre une démarche expérimentale scientifique permettant l'intégration dans une équipe de recherche et /ou développement.
- Travailler en équipe et en interdisciplinarité.
- Maitriser les bases théoriques nécessaires à une insertion dans le monde socio-économique telles que la propriété intellectuelle, les contrats, les notions de management et la gestion de projet.
- Projeter les savoirs acquis et les recherches conduites au cours du Master dans le monde de l’entreprise et dans le monde de la recherche en sachant innover.
- Respecter l’éthique scientifique en toutes circonstances, sur la base des principes déontologiques développés traditionnellement dans le cadre universitaire.
- Appréhender les difficultés qui existent entre le concept scientifique à l’origine de la création d’une entreprise, le développement et la gestion quotidienne d’une entreprise.
- Compétences transférables
- Maîtriser les outils de gestion de projet (expériences, rédaction d'une note de synthèse, recherche de collaboration, gestion de budgets, etc.).
- Rédiger clairement et e préparer des supports de communication en utilisant diverses techniques (rapport, diaporama, note de synthèse, poster, article…), et les commenter pour un public, averti ou non, en français ou en anglais.
- Maîtriser les outils de bureautique avec capacité à transmettre voire innover.
- Connaître le fonctionnement d'un laboratoire et les règles d'hygiène et sécurité.
- Compétences disciplinaires principales
1. Manipuler des organismes phytopathogènes variés (champignons, bactéries, virus), mettre en place et suivre des expérimentations impliquant ces types de microorganismes et étudier leurs interactions avec les plantes hôtes.
2. Maitriser les bases du diagnostic et de la caractérisation des micro-organismes phytopathogènes.
3. Mettre en place et développer un suivi épidémiologique dans le cadre de la recherche de facteurs impliqués dans le développement d’une maladie ou dans celui d’essais de phytoprotection*. (*mots clefs : écologie et épidémiologie, épidémiologie quantitative, développement spatio-temporel, facteurs impliqués, nuisibilité, épidémiologie moléculaire, outils de détection, génétique des populations).
4. Mettre en place et suivre des essais de produits phytosanitaires et d’utilisation de microorganismes comme agents de bio-contrôle, bio-stimulants, bio-fertilisants ou encore agents de bioremédiation.
5. Maitriser les bases du diagnostic de la présence de mycotoxines dans les grandes cultures et leurs produits de transformation.
- Compétences disciplinaires connexes
Gérer des organismes végétaux et des microorganismes dans le respect des règles de confinement en laboratoire et en serre. Prendre en compte le cadre réglementaire établi pour les expérimentations réalisées sur des OGM et ou des organismes de quarantaine affectant les plantes.
- Débouchés professionnels et poursuites d'études du parcours
Métiers issus du référentiel ROME :
1. Manipuler des organismes phytopathogènes variés (champignons, bactéries, virus), mettre en place et suivre des expérimentations impliquant ces types de microorganismes et étudier leurs interactions avec les plantes hôtes.
2. Maitriser les bases du diagnostic et de la caractérisation des micro-organismes phytopathogènes.
3. Mettre en place et développer un suivi épidémiologique dans le cadre de la recherche de facteurs impliqués dans le développement d’une maladie ou dans celui d’essais de phytoprotection*. (*mots clefs : écologie et épidémiologie, épidémiologie quantitative, développement spatio-temporel, facteurs impliqués, nuisibilité, épidémiologie moléculaire, outils de détection, génétique des populations).
4. Mettre en place et suivre des essais de produits phytosanitaires et d’utilisation de microorganismes comme agents de bio-contrôle, bio-stimulants, bio-fertilisants ou encore agents de bioremédiation.
5. Maitriser les bases du diagnostic de la présence de mycotoxines dans les grandes cultures et leurs produits de transformation.
- Compétences disciplinaires connexes
Gérer des organismes végétaux et des microorganismes dans le respect des règles de confinement en laboratoire et en serre. Prendre en compte le cadre réglementaire établi pour les expérimentations réalisées sur des OGM et ou des organismes de quarantaine affectant les plantes.
- Débouchés professionnels et poursuites d'études du parcours
Métiers issus du référentiel ROME :
- A1303 : Ingénierie en agriculture et environnement naturel
- H1206 : Management et ingénierie études, recherche et développement industriel
- K2107 : Enseignement général du second degré
- K2109 : Enseignement technique et professionnel
- D1407 : Relation technico-commerciale
- H2504 : Encadrement d'équipe en industrie de transformation
- H1502 : Management et ingénierie qualité industrielle
- Métiers ou fonctions issus d'un autre référentiel :
- Chef de projet (Référentiel : APECITA )
- Expérimentateur, Responsable de programme d’expérimentation (Référentiel : APECITA )
- Ingénieur en agro-développement international (Référentiel : APECITA )
- Responsable R/D (Référentiel : APECITA )
- Ingénieur R&D (Référentiel : APEC )
- Ingénieur d'études junior (Référentiel : APEC )
- Ingénieur de recherche junior (Référentiel : APEC )
- Responsable produits (Référentiel : APECITA )
Liste non exhaustives de partenaires industriels et/ou lieux de stage du parcours :
Société Sarco, (Laffort Œnologie), 33270 Floirac ; Unité MycSA, INRA Bordeaux ; FCBA (Forêt, Cellulose, Bois-construction), 33000 Bordeaux ; S.A. France Mycélium, 49426 Saumur, Institut Pasteur: laboratoire des Aspergillus, Unité Biologie et Pathogénicité Fongiques, Laboratoire des bactéries et Champignons Entomopathogènes, 75015 Paris ; CIRAD, 34032 Montpellier; Société Biotransfer, 93107 Montreuil, Société Rhodia Texel, 86220 Dangé Saint Romain ; Germicopa Recherche, 29520 Chateauneuf du Faou ; CTIFL (Centre Technique Interprofessionnel des Fruits et Légumes), Equipe « Lutte intégrée », 30127 Bellegarde, Centre de Lanxade, 24130 la force ; Société A-R-D (Agro-industrie recherches et Développement) F-51110 Pomacle ; European Biological Control Laboratory (USDA-ARS), 34988 St Gely de Fesc ; Société Lallemend, 31700 Blagnac ; Société Lesaffre International, 59700 Marcq-en-Baroeul ; Danisco, 86220 Dangé Saint Romain ; Société Odyssol, 64160 Morlaas ; Unilever France, 33000 Bordeaux ; Ecosolution, 93230 Romainville ; Société Saf-Isis S. A., Groupe Lesaffre, 40140 Soustons ; Société Valorhiz (Montpellier) ; ARYSTA Life Science, 64150 Nogueres ; ALCINA-Forêt SARL, 34080 Montpellier ; Premier Tech. 3500 Rivière du Loup (Québec) Canada ; Novartis Pharma AG, Basel, Suisse ; Institut de Biologie végétale, Université de Fribourg, Fribourg, Suisse ; Centre de recherche en Biologie Forestière, Université Laval, Sainte-Foy, Québec (Canada) ; HorstResearch Lincoln, New Zealand ; IRSST-Institut Robert Sauvé en Santé et Sécurité au Travail, Montréal, Canada ; Université Concordia, Montréal, Canada.
Carrière professionnelle : En emploi (80 %) parmi lesquels CDD (50 %), CDI (30 %), Emploi dans le domaine de l’Agroprotection (56 %), poursuite d’études doctorales et thèse CIFRE (15%).
Organisation des enseignements (Architecture de la formation) et UEs obligatoires du parcours
Architecture de la formation
- 2 années représentant 120 ECTS (60 ECTS/an).
Programme (UEs) obligatoires du parcours (avec les membres de l'équipe pédagogique)
- UE La plante dans son environnement, stress biotiques et abiotiques.
Pr. Eric Gomes, Virginie Laurent (M1, S2) - UE Biodiversité des microrganismes symbiotiques et parasites des plantes
Gérard Barroso, Karine Dementhon, (M1, S2) - UE Molecular Basis of Plant Microbe Interactions.
Eric Gomes, Sylvie German-Retana (M2, S3) - UE Epidémiologie et contrôle des maladies des plantes cultivées.
Lucia Guérin (Bordeaux Science Agro), Marie-France Coriot-costet (M2, S3) - UE Applications technonoliques des champignons, Mycotoxines et sécurité des aliments
Gérard Barroso, Jean-Michel Savoie, Florence Forget (UE optionnelles M2, S3)